為規(guī)范總局立法工作，保證立法質(zhì)量，提高立法效率，組織制定了《立法程序規(guī)定》（以下簡稱《規(guī)定》），于2013年9月27日經(jīng)總局局務會議審議通過，10月24日以總局1號令發(fā)布。

　　該規(guī)定共九章五十條，規(guī)定了立項、起草、審查、審議與發(fā)布、備案與解釋、評估清理與匯編、規(guī)范性文件的審查與清理等。

　　《規(guī)定》除進一步細化要求、完善制度、優(yōu)化程序外，在以下幾個方面進行了重點修改：一是將科學立法和民主立法寫入立法原則，強調(diào)要遵循客觀規(guī)律、堅持改革創(chuàng)新、提高行政效能、保障法制統(tǒng)一、維護公平正義；二是拓寬公眾參與立法的渠道，保障公眾的知情權(quán)和表達合理訴求的權(quán)利，公眾可以通過信件、局互聯(lián)網(wǎng)留言等多種途徑向總局提出有關立法建議；三是探索建立立法重大決策風險評估和立法后評估制度，對立法草案涉及食品藥品監(jiān)管體制機制、管理措施有重大調(diào)整，或者對人民群眾切身利益、食品藥品產(chǎn)業(yè)發(fā)展可能產(chǎn)生重大影響的，起草部門應當進行風險評估；四是建立規(guī)章和規(guī)范性文件定期清理制度，發(fā)現(xiàn)有不符合經(jīng)濟社會發(fā)展要求，與上位法相抵觸、不一致，或者相互之間不協(xié)調(diào)的，要及時修改或者廢止，清理結(jié)果要向社會公布。五是強化法制司歸口管理，充分發(fā)揮法制機構(gòu)的組織、協(xié)調(diào)作用，確保立法工作規(guī)范化。